Les directions régionales au nombre de cinq (5) sont chargées :

• d’assurer la gestion des services communs décentralisés (recouvrement, service financier et comptable, ressources humaines, action sanitaire et sociale, etc. …) relevant de leurs ressorts
• de payer les prestations aux prestataires de leur ressort territorial.

Ce sont :
 La Direction Régionale de Ouagadougou (DRO) ;
 La Direction Régionale de Bobo-Dioulasso (DRB) ;
 La Direction Régionale du Nord (DRN) ;
 La Direction Régionale de Fada N’Gourma (DRF) ;
 La Direction Régionale de Dédougou (DRD).